从外宇宙出现的神秘的光向地球前进。这个光球飞行物经过的各行星的前线基地的通信一个接一个地中断,并且光球飞行物急速接近地球,地球方面用迎击导弹应战也没有效果,悠然降落在地球上的是超大型导弹。然后地球舰队被后来涌向地球的大舰队的奇袭攻击所毁灭,地球瞬间被压制。
黑暗星团帝国要求显示大和的所在地,超大型导弹是重核子炸弹,威胁说可以破坏地球的中间子质量,一举消灭人类的脑细胞。
古代达大和的船员们集结在英雄的山丘上,接受了森雪带来的地球防卫军长官的绝密命令,前往小行星伊卡洛斯。但是森雪在途中受伤,只有一个人被留在了地球上。从地球上死里逃生的一行人到达伊卡洛斯后,那里隐藏着大和。
大和的船员们发现重核子炸弹的起爆控制是敌母星,为了阻止爆炸,踏上了40万光年的航海之旅...